差异分析是大多组学分析流程的关键步骤。受价格、计算资源等因素的影响，组学试验设计的重复数较常规实验要少很多，比如很多文章生物学重复仅3~6个，在上市早期价格贵时甚至会没有生物学重复。且因为数据不符合正态分布，常规的t-检验，方差分析等差异检验方式无法使用。针对组学数据重复少、离散性大、文库大小不一等特点，差异分析需要使用专门的工具。类似于edgeR、limma等常见组学数据差异分析工具，DESeq2是一款非常受欢迎的差异分析工具，截至年3月，文章引用量达多次。下面就以具体的案例一起看下如何使用DESeq2做差异分析吧。本文内容较长，内容主要包括DESeq2的安装、范例数据导入、构建DESeq2数据对象、比较组指定、差异基因分析、分析结果可视化等。
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安装DESeq2包
#安装DESeq2包;BiocManager::install("DESeq2")#载入DESeq2包；library(DESeq2)看到这里就看不懂啦？如果一点点R语言基础也没有，这里推荐你参加即将于年3月29日-4月2日举办的线上转录组培训班，课表如下：报名方式：方式1：长按识别下方